1946 m. įsteigta Kėdainių 1-oji vidurinė mokykla.
1981 m. lapkričio 10 d. Kėdainių 1-ąjai vidurinei mokyklai suteikiamas rašytojo Juozo Paukštelio vardas.
1997 m. mokykla įgijo gimnazijos statusą.
2002 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių Juozo Paukštelio gimnazija reorganizuota į Kėdainių Juozo Paukštelio pagrindinę mokyklą ir Kėdainių šviesiąją gimnaziją.
2012 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių rajono Lančiūnavos vaikų darželis, Kėdainių r. Lančiūnavos ir Kėdainių r. Tiskūnų Juozo Urbšio pagrindinės mokyklos reorganizuotos prijungimo būdu.
2015 m. rugsėjo 1 d. mokykla reorganizuota į Kėdainių Juozo Paukštelio progimnaziją.
Nuo 2016 m. rugsėjo 1 d. Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazija turi Lančiūnavos skyrių.
2024 m. rugsėjo 1 d. progimnazija pakeitė pavadinimą iš Kėdainių Juozo Paukštelio progimnazijos į Kėdainių Senamiesčio progimnaziją.